پس از یک آزمایش وحشتناک کیمیاگری که در خانه‌ی الریک‌ها به اشتباه پیش می‌رود، برادران ادوارد و آلفونس در دنیای جدید و فاجعه‌آمیز قرار می‌گیرند. با نادیده گرفتن اصل کیمیاگری که انتقال انسان را ممنوع می‌کند، آنها تلاش کردند تا مادر تازه فوت شده‌شان را به زندگی برگردانند. اما در عوض، با از دست دادن‌های وحشتناکی مواجه شدند: بدن آلفونس متلاشی شد و ادوارد یکی از پایش را از دست داد و سپس برای نگه داشتن روح آلفونس در دنیای فیزیکی، بازوی خود را فدای او کرد و آن را به یک زره غول‌پیکر متصل کرد. برادران توسط همسایه‌شان پیناکو راکبل و نوه‌اش وینری نجات می‌یابند. وینری که به عنوان یک نابغه در مهندسی بیومکانیک شناخته می‌شود، برای ادوارد اعضای مصنوعی می‌سازد و از "اتوماتیل" استفاده می‌کند، فلزی مقاوم و چندمنظوره که در ربات‌ها و زره‌های جنگی کاربرد دارد. پس از سال‌ها تمرین، برادران الریک به سفر خود برای بازگرداندن بدن‌هایشان می‌پردازند و برای این کار به دنبال سنگ فیلسوف هستند—یک گوهر قدرتمند که به کیمیاگر این امکان را می‌دهد تا قوانین سنتی معادله مبادله معادل را نقض کند. با تبدیل شدن ادوارد به یک کیمیاگر مشهور و به دست آوردن لقب "فولمتال"، سفر آنها آنها را درگیر یک توطئه در حال گسترش می‌کند که تهدیدی برای سرنوشت جهان است.