اتحادی که قرار بود نویدبخش دوران صلح باشد، به‌سرعت از هم می‌پاشد هنگامی که سوبارو ناتسوکی و امیلیا به روستای ایرلام بازمی‌گردند. با دیدن ویرانی‌ای که توسط اسقف‌های گناه رقم خورده، سوبارو در اعماق ناامیدی فرو می‌رود، چرا که توانایی‌اش برای بازگشت و اصلاح اوضاع بی‌ثمر می‌ماند. در جستجوی پاسخ، گروه به سمت «پناهگاه» حرکت می‌کند، جایی که سوبارو به‌طور غیرمنتظره‌ای با جادوگر طمع—اچیدنا—روبرو می‌شود. در مواجهه با ریتم نامتعارف او، سوبارو ناچار می‌شود در مارپیچ‌های گذشته و آینده فرو رود. هم‌زمان، تهدیدهای اسرارآمیزی پناهگاه را هدف قرار داده و سرنوشتی هولناک را برای ساکنان درمانده آن رقم می‌زنند. پیمان‌های ابدی، گناهان گذشته و عشق‌های بی‌پاسخ درهم‌تنیده شده و به رودی از خون می‌ریزند در فصل دوم Re:Zero kara Hajimeru Isekai Seikatsu. درحالی‌که ناامیدی سوبارو را به لبه پرتگاه می‌کشاند، تا چه زمانی اراده‌اش برای نجات عزیزانش پابرجا خواهد ماند؟